Le sergent Gallagher revient d'Allemagne avec un soldat prisonnier. Le prisonnier s'échappe aux toilettes de l'aéroport, et c'est le début d'une quête où Gallagher n'a pas que des amis... car toutes les autorités militaires semblent l'empêcher de retrouver son fugitif, apparemment sans répugner à l'emploi d'aucun moyen. Avec l'aide de son épouse dont il est distant depuis un certain temps, Gallagher va chercher la raison d'une telle conspiration.
Dans ce nouveau volet, Batman augmente les mises dans sa guerre contre le crime. Avec l’appui du lieutenant de police Jim Gordon et du procureur de Gotham, Harvey Dent, Batman vise à éradiquer le crime organisé qui pullule dans la ville. Leur association est très efficace mais elle sera bientôt bouleversée par le chaos déclenché par un criminel extraordinaire que les citoyens de Gotham connaissent sous le nom de Joker.
L'Outfit de Chicago est le plus puissant syndicat du crime organisé du 20e siècle. Après vingt ans de crimes au sein de l'organisation, Lou Marazano est une légende. Lorsqu'un haut représentant de l'Outfit est arrêté, le patron demande à Lou d'exécuter une série de témoins afin que l'organisation ne soit pas démasquée.
Le richissime général Newton a fait don à la Galerie Grierson de cinquante millions de dollars pour rapatrier aux Etats-Unis le chef-d'oeuvre de la peinture américaine. Soucieux de donner le maximum de retentissement à cet événement, les administrateurs invitent la Royal National Gallery de Londres à envoyer sur place leur meilleur spécialiste en la matière. Erreur fatale: les Anglais profitent de l'occasion pour expédier à Los Angeles leur employé le plus haï et le plus nul, dans l'espoir de s'en débarrasser. Son nom est Bean, Mr. Bean.
Alors qu'il est sur le point de communiquer au monde entier un procédé révolutionnaire libérant le potentiel énergétique de l'eau, le docteur Barkley est assassiné à Chicago par un mystérieux commando qui s'empare de sa machine et supprime toute trace de ses recherches en faisant sauter son laboratoire. Aperçu sur les lieux au moment de l'explosion, le jeune technicien Eddie Kasalivich est soupçonné du meurtre du docteur. Incapable de prouver son innocence, il choisit la fuite, entraînant avec lui sa jeune collègue.