Au XXIe siècle, une guerre nucléaire a transformé la plus grande partie de la surface de la Terre en désert, ce qui a également entraîné la contamination de l'approvisionnement en eau de la Terre. Un homme du nom de Sanga a construit le havre fortifié de la "Dernière Terre", où il gouverne comme son dictateur en monopolisant l'approvisionnement en eau non contaminée de la ville. Lorsqu'il apprend que les habitants du Freedom Village voisin essaient de creuser un puits pour le leur, Sanga envoie ses sous-fifres saboter leurs efforts. Kenshiro, maître de Hokuto Shinken, est impliqué dans le conflit entre les deux régions après avoir sauvé Tobi, un informateur embauché par Freedom Village.

Il y a bien longtemps Môryô, un puissant démon, qui avait mené le monde au bord de la destruction, est aujourd'hui ramené à la vie par un être malfaisant. La nouvelle mission de Naruto est de protéger Shion, la prêtresse du Pays du Démon, menacée par Môryô. Elle est en effet la seule capable de sceller son âme maléfique. Elle a aussi un autre don : prédire le destin d'une personne sans jamais se tromper ! Sa dernière prédiction : Naruto va bientôt mourir'. Le seul moyen pour Naruto d'échapper à ce présage serait d'abandonner Shion au démon, mais ce n'est pas vraiment son style !

Prenant place peu de temps après la fin de l'arc Tartaros, l'histoire de ce second long-métrage sera principalement centré sur le personnage Natsu Dragneel, mieux connu sous le pseudo de Salamander.