Tueur à gages infaillible, le Loup à l'enfant fait figure de sauveur pour les fiefs vassaux menacés de démantèlement par le pouvoir central. Un jour, il vient en aide à une jeune paysanne condamnée à la prostitution par un clan yakuza et accepte d'être torturé à mort en échange de sa liberté. Impressionnée par son courage, la femme dirigeant le clan comprend bientôt qu'elle a affaire au fameux Loup à l'enfant et lui raconte son histoire : avant de devenir yakuza, elle était la fille d'un grand samouraï déchu après la condamnation de son suzerain victime d'un complot mené par un vassal ambitieux. Ogami accepte de tuer le traître. Mais l'homme, devenu depuis gouverneur, va lever une armée entière contre le Loup à l'enfant, convaincu qu'en l'éliminant, il s'attirera les faveurs du clan Yagyu…

Incapable de venir à bout d'Ittô Ogami, Retsudô Yagyû n'a plus les faveurs du Shôgun. Ce dernier, qui ne croit plus aux chances d'un règlement secret de l'affaire, est sur le point de reconnaître officiellement l'existence du trublion Ogami alias Le loup à l'enfant et d'ordonner son arrestation par décret. Retsudô joue alors sa dernière carte pour regagner la confiance de son maître : la magie noire, arme déloyale personnifiée par le dernier de ses fils, Hyoé, fruit d'une liaison adultère, et qu'il avait pour cause toujours caché. Le dernier rejeton du presque déchu Retsudô Yagyû va lancer contre Le loup à l'enfant ses mygales ninjas aux redoutables pouvoirs surnaturels…