Dans un avenir proche, les élèves de la classe B de 3ème du collège Shiroiwa ont été amenés sur une île déserte par une armée mystérieuse. Un adulte surgit tout à coup devant eux : leur ancien professeur Kitano. Il leur annonce qu'ils vont participer à un jeu de massacre dont la règle consiste à s'entretuer. Seul le dernier des survivants pourra regagner son foyer. Kitano leur présente deux nouveaux élèves très inquiétants. Des coups de feu retentissent pour convaincre les incrédules. Selon la loi de réforme de l'éducation pour le nouveau siècle, ce sacrifice permettra de former des adultes sains. Abandonnés chacun à son sort avec de la nourriture et une arme, les adolescents disposent d'un délai de trois jours pour s'entretuer.

Au cours d’une cérémonie de mariage en plein désert, un commando fait irruption dans la chapelle et tire sur les convives. Laissée pour morte, la Mariée enceinte retrouve ses esprits après un coma de quatre ans. Celle qui a auparavant exercé les fonctions de tueuse à gages au sein du Détachement International des Vipères Assassines n’a alors plus qu’une seule idée en tête : venger la mort de ses proches en éliminant tous les membres de l’organisation criminelle, dont leur chef Bill qu’elle se réserve pour la fin.

Quand le gouverneur de Tokyo est assassiné, Travis Hunter, un ex-agent de la CIA, poursuit les terroristes responsables et lors de son enquête se retrouve confronté à un leader Yakuza montant une énorme affaire de drogue avec la mafia chinoise...

Après s’être débarrassée de ses anciennes collègues Vernita Green et O‐Ren Ishii, la Mariée poursuit sa quête vengeresse. Il lui reste à régler le sort de Budd puis de Elle Driver avant d’atteindre le but ultime : tuer Bill.

Azumi poursuit son combat pour libérer son pays des guerriers. Elle doit à présent affronter le dirigeant du gouvernement et son armée de ninjas. Elle est pour cela aidée de son compagnon Nagara.

Dans un futur alternatif, après des décennies de guerre, le monde a fini par arriver à une paix durable. Mais les Terriens ont désespérément besoin de retrouver un peu d'action. Pour apaiser ses citoyens, le gouvernement met alors en place un cycle de guerres d'un genre nouveau : celles-ci seront désormais organisées par des sociétés militaires privées, dans le seul but de divertir la population.C'est alors que la dernière recrue à rejoindre les pilotes de Sky Crawlers se retrouve impliquée dans un nouveau projet militaire, visant à rendre les pilotes infaillibles...

Frappé d'immortalité, Manji la fine lame accepte de devenir le garde du corps d'une jeune fille et promet de venger sa famille assassinée.