Jason Bourne vit tranquillement maintenant. Mais le département de la Défense lance en grand secret un second programme encore plus sophistiqué : Blackbriar, visant à fabriquer une nouvelle génération de tueurs supérieurement entraînés. Jason est, pour le directeur des opérations spéciales, une menace et une tache à effacer au plus vite. Ordre est donné de le supprimer. La traque recommence : Moscou, Paris, Madrid, Londres, Tanger et New York.

Dans ce nouveau volet, Batman augmente les mises dans sa guerre contre le crime. Avec l’appui du lieutenant de police Jim Gordon et du procureur de Gotham, Harvey Dent, Batman vise à éradiquer le crime organisé qui pullule dans la ville. Leur association est très efficace mais elle sera bientôt bouleversée par le chaos déclenché par un criminel extraordinaire que les citoyens de Gotham connaissent sous le nom de Joker.

Sarah Wolfe, seule survivante du drame qui s'est déroulé des années auparavant dans la maison de l'horreur, est retrouvée morte. Si tout laisse penser à un suicide, sa sœur Ariel tente de découvrir la vérité. La jeune femme est prise en otage par un groupe d'archéologues qui pense qu'elle détient les informations de sa soeur. Ceux-ci décident de l'emmener dans la fameuse maison sur les traces d'une statuette aux pouvoirs maléfiques...

Un vieux vétéran fait appel à un jeune cambrioleur pour l'aider dans son dernier coup, qui lui permettra de rembourser sa dette à un mafieux russe.

Alors qu'ils partent faire du camping en forêt, Fonda et ses amis sont attaqués par Three Finger, mutant cannibal dégénéré. Bien que Fonda réussit à survivre au massacre, ce n'est pas le cas de ses accompagnateurs. La jeune femme est alors livrée à elle-même, seule dans les bois... mais pas pour très longtemps, puisqu'elle finit par croiser la route d'un groupe de prisonniers, victimes de l'accident du bus qui les transportait. Ils décident alors de s'unirent pour lutter contre les attaques de Three Finger...

Après une traque de plus d'une décennie, les services secrets américains reçoivent enfin une information fiable qui pourrait permettre l'élimination d'une de leurs cibles prioritaires : Boris Chevtchenko, responsable des pires crimes de guerre de 21ème siècle. Lié aux ultranationalistes russes, Chevtchenko est sur le point de leur livrer une arme de nature inconnue.