Les inénarrables aventures de l'agent Fox Mulder et de sa coéquipière Dana Scully adaptées ici pour le grand écran. Tout commence par la découverte, au nord du Texas, d'ossements préhistoriques dans une grotte par un jeune garçon. A leur contact un mystérieux parasite pénètre sa peau et envahit son organisme. Le corps de l'enfant est évacué par un certain Bronschweig avant l'arrivée des secours. Mulder et Scully vont bientôt découvrir un projet de guerre bactériologique par la propagation d'un virus. Le nord du Texas servirait de champ d'expérimentation...
Pour se remettre d'un très grave accident de voiture, Bobby a besoin d'une très lourde opération et de longs mois de convalescence. Son père, Daniel, n'a pas les moyens de payer pour les soins de son fils mais un ami à lui, l'écrivain Rodney Freeman, se propose de régler toutes les dépenses engendrées par cette tragédie. A l'hôpital, Daniel va par ailleurs rencontrer la ravissante docteur Adair dont il va tomber sous le charme.