Inspecteur à Reykjavik, Erlendur enquête sur le meurtre d'un vieil homme apparemment sans histoire. La photo de la tombe d'une petite fille retrouvée chez la victime réveille pourtant une affaire vieille de quarante ans. Et conduit Erlendur tout droit à Jar City, surprenante collection de bocaux renfermant des organes, véritable fichier génétique de la population islandaise...
Gunnar et Sonja forment un couple qui a tout pour être heureux, jusqu'au jour où leur fille meurt brutalement. Leur monde s'écroule alors. Pour aggraver les choses, Gísli fait l'objet d'une enquête pour fraude fiscale au sein de sa société . Mais ce n'est pas tout, un nouveau coup du sort frappe notre héros, lorsque son frère et sa belle-soeur périssent dans un accident, laissant leur petite fille orpheline. Ils décident d'aller lui rendre visite dans la maison à la campagne où elle vit, des choses étranges et effrayantes commencent à se produire.