Quelques années après la disparition de Boo, Birusu, le dieu de la destruction, se réveille après 39 ans d'hibernation. Quelques années auparavant, le Poisson Oracle lui avait prédit qu'un puissant guerrier se dresserait contre lui dans exactement 39 ans. Ayant eu echo de la mort de Freezer, Birusu décide alors de partir à la recherche de son bourreau, Son Goku, dans l'espoir de tomber sur le fameux guerrier de la prophétie du Poisson Oracle.

Kurapika est devenu un Hunter pour se venger de la Brigade Fantôme, une organisation à l’origine du massacre de son clan. En effet, les yeux des membres du clan Kurta deviennent écarlates lors de fortes émotions et se vendent extrêmement chers au marché noir. Malgré l’intervention de Gon, Killua et Leorio, Kurapika se fait voler ses yeux. Ainsi commence le combat contre la Brigade Fantôme et la véritable identité du N°4.

Prenant place peu de temps après la fin de l'arc Tartaros, l'histoire de ce second long-métrage sera principalement centré sur le personnage Natsu Dragneel, mieux connu sous le pseudo de Salamander.