Le Grand Déluge arrive : la fin du monde est proche. Heureusement, une Arche a été construite par Noé pour accueillir tous les animaux. Tous… sauf Dave et son fils Finny, qui appartiennent à la race des Nestrians – une espèce animale assez bizarre, maladroite, pas très bien intégrée, et que personne n’a jugé utile d’inviter à bord de l’Arche…

Le jeune Alex, élève en classe de 5ème, vit dans une famille recomposée. Pour son anniversaire, il reçoit de la part de son oncle excentrique, de retour de Thaïlande, une poupée Ninja vêtue d’un étrange tissu à carreaux. Alex découvre que le jouet s’anime et qu’il parle ! Le Ninja propose à Alex un pacte secret : il l’aide à devenir plus fort pour affronter ses peurs et ne pas se laisser intimider à la maison comme à l’école. En échange, Alex doit l’aider à accomplir une mystérieuse mission… Cette alliance faite d’amitié, de courage et d’humour transformera pour toujours ces deux improbables compagnons.