La nouvelle aventure d’Indiana Jones débute dans un désert du sud‐ouest des États‐Unis. Nous sommes en 1957, en pleine guerre froide. Indy et son copain Mac viennent tout juste d’échapper à une bande d’agents soviétiques à la recherche d’une mystérieuse relique surgie du fond des temps. De retour au Marshall College, le Professeur Jones apprend une très mauvaise nouvelle : ses récentes activités l’ont rendu suspect aux yeux du gouvernement américain. Le doyen Stanforth, qui est aussi un proche ami, se voit contraint de le licencier. À la sortie de la ville, Indiana fait la connaissance d’un jeune motard rebelle, Mutt, qui lui fait une proposition inattendue.
La légende raconte qu'en 1916, sur les côtes du New Jersey, des requins ont attaqué des centaines de vacanciers... Mais, comme pour toutes les légendes, peu de gens y prêtent attention. De nos jours, pendant une chaude journée d'été, une bande d'amis profite de la plage. Cependant, l'un d'eux disparaît. La police, alertée, ne s'en inquiète pas beaucoup. Il faut la mort d'un célèbre chanteur, dévoré par un requin lors de son concert, pour que les autorités mesurent le danger...
Alors qu'elles font la queue pour valider leurs tickets de loto, Karen Donovan et sa nièce Ashley sont témoins d'un braquage. Une fusillade éclate, les malfaiteurs prennent la fillette en otage et s'engouffrent dans la voiture qui les attend. Karen se lance à leur poursuite et retrouve Ashley sur la chaussée, quelques kilomètres plus loin, grièvement blessée et inconsciente. Ce drame fera ressurgir de douloureux souvenirs et un fort sentiment de culpabilité chez la jeune femme. En effet, elle s'est toujours sentie responsable de la mort de son frère quand elle était adolescente. Et ne faisant pas confiance à la police qui n'a jamais réussi à appréhender l'assassin, elle décide de faire elle-même son enquête et se transforme en justicière.