Nous sommes en 2031. Cela fait 2 ans que Motoko Kusanagi a quitté la Section 9. Togusa est maintenant le nouveau leader d'une équipe dont le nombre a considérablement été revu à la hausse. Cette nouvelle Section 9 affronte à présent une série d'évènements complexes et leur enquête révèle l'implication d'un hacker de classe archi-mage, surnommé le Marionnettiste, à la source de tous les incidents. Tandis que Batô mène l'enquête de son côté, il rencontre Kusanagi. Elle repart en lui disant de se tenir à l'écart du Solid State. Un doute envahit Batô. Kusanagi pourrait-elle être le Marionnettiste ?

À la suite d’un cataclysme nucléaire qui a presque anéanti l’espèce humaine, l’Utopie a finalement été atteinte grâce à des corps sociaux ultramédicalisés qui s’assurent de la bonne santé de chaque individu, et ce afin de préserver la ressource la plus importante : la vie. Mais dans ce monde homogène, trois jeunes filles, Tuan, Miach et Cian, décident de prendre en main leur destin et de se réapproprier leur existence en détruisant la seule chose qu’elles peuvent atteindre : leur santé. Deux d’entre elles survivront. Quelques années plus tard, Tuan, désormais membre des forces de sécurité de l’Organisation Mondiale de la Santé, doit mener une enquête complexe alors qu’un groupe terroriste menace l’équilibre mondial. Elle va découvrir quelles horreurs se cachent derrière les secrets d’un monde où chacun se doit d’être en bonne santé.