Dans un Japon futuriste régi par l'Internet, le major Motoko Kusunagi, une femme cyborg ultra-perfectionnée, est hantée par des interrogations ontologiques. Elle appartient, malgré elle, à une cyber-police musclée dotée de moyens quasi-illimités pour lutter contre le crime informatique. Le jour où sa section retrouve la trace du 'Puppet Master', un hacker mystérieux et légendaire dont l'identité reste totalement inconnue, la jeune femme se met en tète de pénétrer le corps de celui-ci et d'en analyser le ghost (élément indéfinissable de la conscience, apparenté à l'âme) dans l'espoir d'y trouver les réponses à ses propres questions existentielles...

La baie de Tokyo est le théâtre de tragiques événements. Plusieurs accidents s'y produisent et l'origine du phénomène qui les cause demeure encore un mystère. Les agents Kusumi et Hata, chargés d'élucider cette sombre affaire, s'aperçoivent que les diverses victimes sont à la fois les hommes et les Labor, ces gigantesques robots mis au point par les entreprises de construction japonaises à la fin du siècle et qui permettent d'effectuer de cyclopéens travaux d'aménagement.

Batou est un cyborg vivant. Son corps entier a été fabriqué par l'homme. Seules lui restent des bribes de son cerveau et le souvenir d'une femme. Dans un monde où la frontière entre humains et machines est devenue infiniment vague, les Humains ont oublié qu'ils sont humains. Voici la débauche du "fantôme" d'un homme solitaire qui néanmoins cherche à conserver son humanité.

Nous sommes en 2031. Cela fait 2 ans que Motoko Kusanagi a quitté la Section 9. Togusa est maintenant le nouveau leader d'une équipe dont le nombre a considérablement été revu à la hausse. Cette nouvelle Section 9 affronte à présent une série d'évènements complexes et leur enquête révèle l'implication d'un hacker de classe archi-mage, surnommé le Marionnettiste, à la source de tous les incidents. Tandis que Batô mène l'enquête de son côté, il rencontre Kusanagi. Elle repart en lui disant de se tenir à l'écart du Solid State. Un doute envahit Batô. Kusanagi pourrait-elle être le Marionnettiste ?

Japon. 2034. Des terroristes surnommés « Les onze individuels » prennent les employés de l’ambassade de Chine en otage pour réclamer la fermeture des quartiers des réfugiés chinois. Le premier ministre refusant que l’affaire s’ébruite, la Section 9 est appelée pour intervenir. D’autres actes terroristes sont commis sous ce nom énigmatique. Mais il semble bien que c’est un nouveau « Stand Alone Complex » auquel Motoko et son équipe ont à faire, c'est-à-dire un phénomène faisant que des individus qui ne se connaissent pas œuvrent dans un but commun. L’équipe est à son (cyber) corps défendant chaperonnée par Kazundo Gôda, un homme d’influence dont le visage à moitié défigurée inspire la terreur. Quelles sont les réelles motivations de cet énigmatique individu qui sous couvert de solutionner une situation de crise semble la tirer volontairement vers le chaos général ?...

Shûhei Amamiya est un jeune garçon destiné à un brillant avenir de pianiste professionnel. Au début de l'été, sa famille emménage dans une ville de province. Ses nouveaux camarades de classe lui racontent alors une bien étrange histoire : un piano magique serait caché au fond d'une forêt ; il semble cassé depuis des années, mais plusieurs personnes affirment avoir entendu une mélodie envoûtante s'élever des profondeurs de la forêt.Seul Kai, un jeune garçon intrépide, affirme que la musique du piano est réelle et pour le prouver, il demande à Shûhei de le suivre dans la forêt. Malgré l'entêtement de Shûhei, le piano n'émet aucun son. En revanche, la magie opère lorsque Kai se met à jouer. Shûhei comprend alors que son ami est un génie capable d'interpréter une musique quasi divine sans avoir jamais pris une seule leçon de piano.Alors que tout les oppose, les deux garçons deviennent vite inséparables, jusqu'au jour où ils deviennent rivaux lors d'un concours national de piano.

Alors que Jin Kazama et son père, Kazuya Mishima, se livrent une guerre sans répit par corporations interposées, Anna Williams, la sœur machiavélique de Nina et bras droit de Kazuya, décide de prendre la situation en main. Elle parvient à mettre Ling Xiaoyu de son côté, l’obligeant à pister un mystérieux lycéen qui se révèle être un ancien camarade de Jin : Shin Kamiya. Mais dans ce lycée ultra-moderne de Kyoto, Alisa Boskonovitch, jeune fille extravagante, veille sur Shin. Xiaoyu parviendra-t-elle à découvrir le secret qui lie Jin et Shin ? Et qui est cette mystérieuse Alisa dont le nom de famille intrigue au plus haut point ?

Bayonetta est une des dernières sorcières de l’Umbra. Réveillée vingt ans plus tôt par un journaliste, elle pourchasse des anges et cherche à recouvrer la mémoire…

Batman est envoyé dans le passé, quittant les États-Unis contemporains pour le Japon féodal, et doit combattre le Joker. Mais les deux antagonistes ne sont pas seuls puisque Robin, Nightwing, Red Hood, ou encore Catwoman rejoignent le Chevalier Noir, tandis que le Pingouin, Harley Quinn, et Double-Face semblent s’allier au Joker.

Sakura est une lycéenne populaire et pleine de vie. Tout l’opposé d'un de ses camarades solitaires qui, tombant par mégarde sur son journal intime, découvre qu’elle n’a plus que quelques mois à vivre... Unis par ce secret, ils se rapprochent et s'apprivoisent. Sakura lui fait alors une proposition : vivre ensemble toute une vie en accéléré, le temps d’un printemps.