Les Muppets sont de retour! Ils viennent d'obtenir leur diplôme à la fac et veulent fêter ça en allant vendre leur nouveau show, "Manhattan Melodies", chez les producteurs de Manhattan. Sauf que personne n'en veut, et les Muppets se séparent : Kermit se fait une nouvelle amie, Jenny, et rend jalouse la pauvre Peggy. Rowlf devient secrétaire chez un vétérinaire, Fozzie s'installe dans une cave, et Peggy ne peut s'empêcher de surveiller de près son Kermit tout en continuant à travailler sur le spectacle. Enfin, un jeune producteur se décide à financer leur show; le gang des Muppets est en route pour Manhattan lorsque Kermit se fait renverser par une voiture. Devenu amnésique, ses amis tentent de lui faire recouvrer la mémoire...

Grâce à un billet magique, Danny Madigan, un enfant de onze ans, peut vivre les aventures de son policier préféré, Slater, croisé des temps modernes. Ensemble ils affrontent force danger et triomphent toujours. Mais les choses se compliquent lorsque des personnes mal intentionnées s'emparent du billet magique et gagnent New York, où le crime paie encore plus qu'au cinéma.

Son histoire se situe, dans la chronologie de la série, entre les épisodes IV et V. On y retrouve Chewbacca, Han Solo et Luke Skywalker, joués par les acteurs des films. C'est également la première apparition de Boba Fett (du moins, avant que l'épisode IV ne le réintègre depuis sa réédition de 1997).

Andy et Vicky se rencontrent alors qu'ils expérimentent des médicaments. Quand ils ont une petite fille, celle-ci a des pouvoirs surnaturels. Elle peut notamment mettre le feu où elle le désire.