Neo apprend à mieux contrôler ses dons naturels, alors même que Sion s'apprête à tomber sous l'assaut de l'Armée des Machines. D'ici quelques heures, 250 000 Sentinelles programmées pour anéantir notre espèce envahiront la dernière enclave humaine de la Terre. Mais Morpheus galvanise les citoyens de Sion en leur rappelant la Parole de l'Oracle : il est encore temps pour l’Élu d'arrêter la guerre contre les Machines. Tous les espoirs se reportent dès lors sur Neo. Au long de sa périlleuse plongée au sein de la Matrix et de sa propre destinée, ce dernier sera confronté à une résistance croissante, une vérité encore plus aveuglante, un choix encore plus douloureux que tout ce qu'il avait jamais imaginé.

La longue quête de liberté des rebelles culmine en une bataille finale explosive. Tandis que l'armée des Machines sème la désolation sur Sion, ses citoyens organisent une défense acharnée. Mais pourront-ils retenir les nuées implacables des Sentinelles en attendant que Neo s'approprie l'ensemble de ses pouvoirs et mette fin à la guerre ? L'agent Smith est quant à lui parvenu à prendre possession de l'esprit de Bane, l'un des membres de l'équipage de l'aéroglisseur. De plus en plus puissant, il est désormais incontrôlable et n'obéit plus aux Machines : il menace de détruire leur empire ainsi que le monde réel et la Matrice...

Le capitaine Frank Towns, son copilote et mécanicien, prennent à bord de leur avion les ouvriers d'une plateforme pétrolière, menés par Kelly Johnson. En direction de Pékin, ils croisent une tempête de poussière qui provoque le crash de l'engin. Ils se retrouvent alors à des centaines de kilomètres de tout en plein désert de Gobie, en Mongolie.Sans même une radio, les survivants doivent désormais faire face à des conditions de survie très dure : La chaleur intense, les tempêtes, une faible réserve d'eau potable, les "bandits du désert", et bien d'autres encore. La situation semble désespérée jusqu'à ce qu'un passager excentrique, Elliot, redonnent de l'espoir à chacun avec l'idée improbable de reconstruire un avion à partir des débris du crash.

Parmi les décombres d'une bataille, une enfant cherche de quoi se vêtir et se sustenter. Sorti de nulle part, un autre enfant vêtu d'une armure la piège et lui fait un chantage. Elle parvient à s'en défaire mais dans sa fuite perd son précieux butin. Une déesse apparaît alors et lui restitue son bien ; en échange elle exige cependant de la jeune fille un choix crucial.

Un richissime homme d'affaires, Kenji Takeo, se prépare à accueillir dans villa sa femme de retour du Japon. Soudain une équipe de ninja assassins prends d'assaut la demeure et massacre tout le monde àl'exception de Miko, la fille de Kenji Takeo...

Mallory Kane est un super soldat agissant pour des opérations ultra secrète. Elle est un jour trahie par un membre de son équipe. Elle décide donc de découvrir qui est ce félon qui lui a mis sur le dos l'échec d'une opération.

Un artéfact amérindien est volé lors d'un tournoi de poker et toutes sortes de personnes se lancent à sa recherche, notamment des imitateurs d'Elvis, des indiens, des cow-boys, un shérif, une prostituée...

Cecilia Kass est en couple avec un brillant et riche scientifique. Ne supportant plus son comportement violent et tyrannique, elle prend la fuite une nuit et se réfugie auprès de sa sœur, leur ami d'enfance et sa fille adolescente. Mais quand l'homme se suicide en laissant à Cecilia une part importante de son immense fortune, celle-ci commence à se demander s'il est réellement mort. Tandis qu'une série de coïncidences inquiétantes menace la vie des êtres qu'elle aime, Cecilia cherche désespérément à prouver qu'elle est traquée par un homme que nul ne peut voir. Peu à peu, elle a le sentiment que sa raison vacille…

Martha Gellhorn, âgée de soixante-dix ans, se remémore sa rencontre avec l'écrivain Ernest Hemingway. A l'époque, correspondante de guerre en Espagne pendant la Seconde Guerre mondiale, Martha s’engage dans une relation tumultueuse avec l'auteur et finit par l'épouser. Tous deux rejoignent la Chine aux côtés du militant anticommuniste Tchang Kaï-chek dans une Chine troublée par des changements politiques.