Le Retour du Joker raconte l'histoire de la réapparition de l'ennemi de Batman, 40 ans après avoir disparu de la scène. Bruce Wayne semble connaître la raison de cette longue disparition du Joker, et est ainsi certain qu'il ne peut s'agir de la même personne. Lui et Terry McGinnis tentent de découvrir la véritable identité du vilain, et son plan. Au fur et à mesure de l'enquête, les destins de plusieurs autres personnages de l'univers de Batman, qui n'avaient pas encore été mentionnés dans la série Batman, la relève, sont révélés, et notamment celui du second Robin (Tim Drake).
Un nouveau visage est apparu dans le monde criminel de Gotham : le Red Hood. Bien décidé à prendre le contrôle de la pègre, il s’est lancé dans la destruction de l’empire du caïd de la ville, Black Mask. Mais qui peut bien être ce nouvel « justicier » ? Batman va s’empresser de le découvrir. Avec l’aide de Nightwing, ex-Robin, le Chevalier Noir va déterrer des secrets de son passé, qui risque de remettre en question pas mal de choses…
Superman, le héros de Metropolis, doit affronter un cyborg organique assoiffé de pouvoir : Brainiac. En effet, ce dernier absorbe l'intelligence et la connaissance d'un peuple, avant d'en exterminé la civilisation, en prenant soin de garder un échantillon d'une ville et ses habitants comme trophée. Avec l'aide de Supergirl, Superman va tout tenter pour détruire Brainiac et l’empêcher de détruire la Terre.
Lorsque le gouvernement monte le Suicide Squad, une équipe de super-vilains dont le but est d’infiltrer l’asile d’Arkham afin de restituer des informations de très haute importance que le Sphinx a volées, Batman se retrouve très vite impliqué. Mais les choses vont de mal en pire dès lors qu’un membre du Suicide Squad libère le Joker qui a tout ce qu’il faut pour faire exploser l’asile, mais aussi la majeure partie de la ville de Gotham…