Tandis qu'Eddie souhaite faire de son petit chien une vedette de cinéma, l'animal se fait kidnapper par une bande de malfrats alors qu'il venait tout juste d'être choisi pour devenir la star d'un film ! L'équipe du long métrage se met donc à la recherche d'un nouveau toutou et c'est Beethoven qui, par un heureux hasard, sera propulsé sur le devant de la scène...
Dans un laboratoire du Maine travaillant sur la mise au point d'un sérum, des anacondas , une femelle géante et deux mâles, s'échappent en laissant les grilles du parc ouvertes permettant le passage des crocodiles du Lac Noir vers le Lac Clair, lieu de villégiature où un groupe de jeunes filles se retrouvent pour leur examen d'entrée dans un club de sororité universitaire.