Le docteur Charles Forbin a mis au point un super ordinateur qui va prendre en charge la gestion des défenses militaires américaines. Mais, seulement quelques minutes après sa mise en service dans des conditions réelles, la machine envoie un énigmatique message : «Il y a un autre système !». C’est le début d’une aventure qui risque de changer le destin de l’humanité…
En 1985, Chuck Browning (Peter Fonda) voit un certain Frenchy LaPorte (Ed Geldart), qui l'avait contacté, mourir devant lui en prononçant le mot "DELOS". Le reporter avait couvert deux ans plus tôt le massacre des touristes par les robots dans ce centre de loisirs futuriste. Ayant rouvert le centre, modernisé et agrandi, le docteur Duffy (Arthur Hill) invite Browning et sa collègue Tracy Ballard (Blythe Danner) pour juger impartialement.
En 1966, trois ans après l'assassinat du président John F. Kennedy à Dallas, Jim Garrison, procureur de La Nouvelle-Orléans (Louisiane), se plonge dans la lecture du rapport de la commission Warren chargée d'élucider le crime et ayant établi la culpabilité de Lee Harvey Oswald. Les invraisemblances et les « trous » du rapport Warren étonnent Garrison qui décide d'enquêter lui-même sur l'assassinat. Les pistes qu'il découvre avec l'aide d'une petite équipe gagnée à sa cause le mènent à la conclusion que Oswald n'était qu'une « couverture » masquant en fait un véritable complot minutieusement organisé par la CIA, le FBI et le Pentagone afin d'éliminer Kennedy.