Hors-la-loi, El Topo défie pour l'amour d'une femme les Quatre Maîtres du Désert. Les ayant vaincus, sa conscience s'élève jusqu'à ce que sa femme le trahisse. Sa nouvelle vie d'homme saint commence alors et El Topo s'engage dans la libération d'une communauté de parias.

En 1975, le producteur français Michel Seydoux propose à Alejandro Jodorowsky une adaptation très ambitieuse de "Dune" au cinéma. Ce dernier, déjà réalisateur des films cultes « El Topo » et « La Montagne sacrée », accepte. Il rassemble alors ses "guerriers" artistiques, dont Jean Giraud (Mœbius), Dan O'Bannon, Hans-Ruedi Giger et Chris Foss qui vont être de toutes les aventures cinématographiques de science-fiction de la fin du siècle (« Star Wars », « Alien », « Blade Runner », « Total Recall », etc.). Le casting réunit Mick Jagger, Orson Welles, Salvador Dali, David Carradine ou Amanda Lear, mais également son jeune fils Brontis Jodorowsky, Pink Floyd et Magma acceptent de signer la musique du film… L'équipe de production recherche 5 millions de dollars pour finaliser le budget et se heurte à la peur des studios hollywoodiens qui craignent le tempérament de Jodorowsky...

"M'étant séparé de mon moi illusoire, j'ai cherché désespérément un sentier et un sens pour la vie." Cette phrase définit parfaitement le projet biographique d'Alexandro Jodorowsky : restituer l'incroyable aventure et quête que fut sa vie. Le film est un exercice d’autobiographie imaginaire. Né au Chili en 1929, dans la petite ville de Tocopilla, où le film a été tourné, Alejandro Jodorowsky fut confronté à une éducation très dure et violente, au sein d’une famille déracinée. Bien que les faits et les personnages soient réels, la fiction dépasse la réalité dans un univers poétique où le réalisateur réinvente sa famille et notamment le parcours de son père jusqu’à la rédemption, réconciliation d’un homme et de son enfance.