Une mystérieuse onde de chaleur, émanant du cœur de la banquise, se propage à travers l'Antarctique. Pour étudier ce phénomène, Charles Bishop Weyland finance une expédition scientifique pilotée par Alexa Woods. L'équipe découvre une pyramide renfermant des vestiges de civilisations aztèque, égyptienne et cambodgienne. Constituées d'un labyrinthe de « chambres », les issues se referment brutalement sur plusieurs membres de l'expédition. Des Predators retiennent captive une reine Alien dont ils livrent les descendants aux jeunes Predators lors de rituels.

La première mission vers les lunes de Jupiter pour y déceler de nouvelles formes de vie est un échec. A l'exception de Michael Forrest, tous sont morts. Il doit entreprendre le retour sur Terre seul durant trois longues années...