Il était une fois et autrefois, un bûcheron surnommé « l’intègre » qui donnait les premiers coups de hache à un magnifique chêne de la forêt lorsque la reine de celle-ci lui apparut afin qu’il épargne son arbre. En échange, elle exaucera trois vœux du bûcheron et de sa femme. Mais le couple dépense bêtement ses trois souhaits à cause d’un plat de choux et de saucisse. Leur rêve de toujours est d’avoir un enfant « même aussi petit qu’un pouce » qui profiterait de cette chambre garnie de jouets qu’ils ont aménagée en espérant en vain. La reine de la forêt, pas avare, leur réserve une surprise. Au petit matin, un minuscule garçon frappe à leur porte : c’est leur fils adoptif, Tom Pouce…
En 1897, à Londres, Basil, la souris détective, est appelé à l'aide par Olivia. En effet, celle-ci a été témoin de l'enlèvement de son père, l'inventeur M. Flaversham, par une inquiétante chauve-souris. L'enquêteur comprend alors qu'il s'agit de Fidget, le sous-fifre de l'ignoble Ratigan... Ce dernier a pour ultime dessein de prendre la place de la reine des souris ! Basil va alors tout faire pour l'en empêcher et ramener M. Flaversham sain et sauf auprès de sa fille.
Picsou, ses 3 neveux et Zaza s’embarquent dans une nouvelle aventure qui les mène jusqu’en Egypte sur la trace d’un fabuleux trésor. Sur place, la joyeuse bande ne trouve qu’une ancienne carte qui leur permet de trouver une pyramide perdue. Mais le sorcier Merlock, un ennemi redoutable, épaulé par son fidèle second Dijon, ne tarde pas à leur mettre des bâtons dans les roues, afin de prendre possession d’une lampe magique qui contient un génie…
Riri, Fifi et Loulou fêtent Noël avec leur famille. Ils font à une étoile le vœu que Noël dure éternellement. Au bout d'un certain temps, les neveux de Donald commencent à en avoir assez de manger de la dinde tous les soirs et d'ouvrir les mêmes cadeaux tous les matins. Ils décident alors pour s'amuser de faire des farces. Ils cachent une dinde vivante dans le plat de Daisy, ils lancent leurs jouets sur Donald qui arrive avec le petit déjeuner et à la fin de la journée se repentent en voyant la carte que Donald et Daisy avaient écrit à leur attention. Ils prennent la décision de très bien se conduire le lendemain et passent un Noël magique. Le jour suivant ils réalisent avec joie que c'est le 26 décembre.
À New York, en 1899, Alexander Hartdegen, un brillant physicien de l'Université de Columbia, fait la connaissance d'Emma, une charmante demoiselle dont il tombe follement amoureux. Un soir, dans Central Park, il trouve le courage de lui déclarer sa flamme et de lui offrir une bague de fiançailles. Un voleur tente alors de dérober le fameux bijou, mais Emma ne se laisse pas faire. Un coup de feu retentit, la malheureuse s'effondre et meurt dans les bras d'Alexander. Refusant cette triste fatalité, celui-ci consacre tout son savoir et toute son énergie à construire une machine à explorer le temps afin d'altérer le cours des événements et ainsi sauver la vie de sa bien-aimée. Alexander embarque à l'insu de tous pour ce voyage de la dernière chance et se voit bientôt propulsé dans le XXIe siècle.
Ce long-métrage est constitué de cinq histoires différentes ayant pour cadre Noël. Chacune de ces histoires met en scène des personnages bien connus de l'univers Disney : Mickey, Minnie, Pluto, Dingo, Max (le fils de Dingo), Donald, Daisy, Riri, Fifi et Loulou, sans oublier Picsou.La première histoire met en scène une compétition de patin à glace entre Minnie et Daisy. Dans la deuxième histoire, Riri, Fifi et Loulou s'invitent dans la maison du Père Noël, au Pôle Nord.