Alors que Miki et Kaori assistent à l'inauguration du complexe de Bay City, Ryô, qui a perdu son carton d'invitation, erre dans les rues en quête de l'adresse de la réception. Il tombe alors sur une charmante jeune femme qui se révèle être poursuivie par Falcon. Profitant de l'intervention de Ryô, elle s'enfuit à bord d'une luxueuse Rolls Royce. Les deux amis se lancent alors à sa poursuite ce qui les mènent tout droit à l'hôtel de Bay City…
Lorsque Ataru se fait enlever presque sous le nez de Lum, celle-ci entre dans une colère noire. Surtout que le ravisseur est ravissant : il s'agit d'une jeune et jolie princesse extra-terrestre répondant au doux nom de Lupica. Mais si Darling s'est fait kidnapper, ce n'est ni pour son charme, ni pour son esprit ; la princesse désire simplement mettre la main sur un objet rare et précieux que seul le plus grand coureur de jupon de l'univers est en mesure de trouver ! Évidemment, ni Ataru ni Lum ne connaissent le fin mot de l'histoire. Compliqué, vous trouvez ? Les petits malentendus forgent les grandes histoires d'amour.
Jusqu'au milieu du XXe siècle, les tanukis, emprunts d'habitudes frivoles, partageaient aisément leur espace vital avec les paysans. Leur existence était douce et paisible. Mais le gouvernement amorce la construction de la ville nouvelle de Tama. On commence à détruire fermes et forêts. Leur habitat devenu trop étroit, les tanukis jadis prospères et pacifistes se font la guerre, l'enjeu étant de conserver son bout de territoire. Efforts dérisoires car la forêt continue de disparaître... Les humains, avec qui ils ont appris à cohabiter, font preuve d'un expansionnisme inexpliqué. Les chefs de clans coordonnent la riposte. Un plan est établi sur cinq ans : le temps pour les animaux d'étudier les humains et de réveiller leur pouvoir de transformation. Il va falloir tenter d'effrayer les humains en évoquant peurs et superstitions. Les solutions les plus farfelues sont expérimentées...
Sur une Terre ravagée par un holocauste nucléaire, les plus forts sont appelés à survivre. Les plus grandes écoles d'art martiaux telles que le hokuto et le nanto sont les seules à pouvoir former les champions d'un nouvel ordre. Mais l'ambition conduit nombre d'entre eux à vouloir dominer ce monde de chaos et de misère. C'est le cas de Raoul qui s'auto proclame Roi du Hokuto. Un seul homme est capable de le vaincre : Ken. Laissé pour mort et couvert des sept cicatrices, il part à la recherche de sa bien-aimée Julia...
Garlic Junior, fils d'un ancien démon, arrive sur Terre avec pour objectif de venger son père. En effet, il y a fort longtemps, le Tout-Puissant et Garlic père étaient candidats et rivaux pour la place de Dieu sur Terre. Un seul fut choisi et ce fut le Tout-Puissant. Garlic, explosant de rage, avait monté une armée de démons pour s'emparer de la planète, ce qui lui valut d'être emprisonné dans une autre dimension. Reprenant le flambeau de son père, Garlic Junior a juré de détruire le Tout-Puissant et tous ceux qui s'opposeront à lui. Pour parfaire ce dessein, il tente de retrouver les 7 boules de cristal et d'obtenir l'immortalité et la puissance absolues...
Ryô est chargé de protéger un futur chef d'état en visite au Japon qui est menacé par d'anciens associés. Pour se faire, il doit faire équipe avec Anna, une charmante jeune femme fraichement promue aux services secrets du pays, mais il ne tarde pas à se rendre compte qu'il se retrouve au coeur d'une vieille histoire de famille, où les rancoeurs sont toujours aussi vives...
Kaori commence à vraiment paniquer, car cela fait des mois que City Hunter n'a pas eu de clients, donc pas d'argent ! Alors qu'elle se démène pour trouver de nouveaux clients en distribuant des tracts, Ryo, lui, drague. Mais c'est comme ça qu'il tombe sur une charmante jeune femme fraîchement arrivée de Los Angeles et qui veut que City Hunter la protège d'un mafieux qu'elle a humilié en public. Pour cette protection, elle promet même de leur payer 1 million de dollars ! De son côté, Falcon apprend à Kaori qu'un tueur à gages est aussi arrivé des États-Unis pour éliminer Ryo…
La jolie présentatrice des informations sur Mega City TV engage Ryô pour qu'il la protège de Mad Dog, un homme qui aurait pris le contrôle de la chaîne. En effet, il tient sous sa coupe les employés de la chaîne au moyen d'une bague qui diffuse un puissant poison à celui qui cherche à l'enlever ou à quitter Tokyo. Cependant, à peine eut-il accepté l'affaire que Ryô voit son image manipulée par les médias de sorte à le faire passer pour l'ennemi n°1 du pays, kidnappeur de la jeune journaliste…
Tout commence alors que Kogoro, Ran, Conan, les détectives Boys et Haibara sont invités à une soirée d'inauguration d'un jeu vidéo virtuel appelé "Cocoon". Sonoko dont le père a participé à l'élaboration du jeu est aussi présente. Lors de cette soirée, les enfants de ceux qui auront participé à la création du jeu pourront le tester. Conan reçoit le badge d'entrer à la démo par le professeur Agasa qui avait aussi participé à la création de Cocoon avec Yusaku Kudo, le père de Shinichi. A la grande surprise de Conan, les détectives Boys et Haibara ont réussi à obtenir des badges. Alors que tout les enfant sont sur le point d'entrer dans les capsules qui permettent d'entrer dans le jeu, Sonoko donne son badge à Ran pour que celle-ci accompagne Conan.
Des meurtres en série dont les victimes sont des policiers provoquent un gros tremblement de terre à la préfecture de police. Face à Kogoro qui tente de recueillir des informations sur les faits, l'inspecteur Maigret reste étrangement silencieux. Conan, qui a vu ce qu'il se passait, suspecte un lien entre les événements et la police. Mais voilà que l'inspecteur Satô se fait tirer dessus ! Ran se trouve par hasard sur les lieux. Elle est tellement choquée qu'elle en perd la mémoire... Et ce n'est pas tout : le meurtrier n'en veux qu'à une seule cible : Ran !! Sachant le danger qu'elle court, Conan vole au secours de Ran et s'engage seul dans l'enquête...
Kid l'insaisissable continue ses agissements et veut cette fois s'emparer d'un œuf de Pâques de grande valeur. Ennemi juré de Conan, celui-ci tentera de l'arrêter alors qu'un autre danger le guette : un meurtrier du nom de Scorpion. D'autres prendront part à l'aventure, à savoir : Ran, Agasa, Mouri et les Détective Boys.
À bord d'un luxueux bateau, Conan et toute sa petite troupe au grand complet voguent au grès de cette paisible croisière. Bien évidement, un évènement viendra rapidement briser cette utopique félicité : le meurtre de l'un des passagers. Cet incident déclenchera une réaction en chaîne allant crescendo jusqu'à mettre en péril la vie des 600 passagers.
Dans un temple de Tôkyô, trois hommes se réunissent secrètement lorsque surgit subitement une ombre noire portant un masque d'Okina qui les élimine un à un, à l'aide d'un arc et d'une épée. Au même moment, à Osaka et Kyôto, deux meurtres sont également commis. L'enquête des forces de police démontre que ces cinq individus appartient à un même groupe de voleurs appelé "Genjibotaru", qui ont déjà sévi dans les villes de Tôkyô, Osaka et Kyôto, dérobant divers objets et œuvres d'art. La police, elle, ne parvient pas à trouver le mobile de ces différents meurtres : vengeance ? conflits internes ?
La veille d'une sortie avec le professeur Agasa et les enfants, Conan fait un cauchemar où il voit Gin et Vodka le retrouver et s'en prendre à Ran. Pendant ce temps, une série de meurtres a lieu dans tout le Japon, incitant la police à collaborer entre préfectures. Le seul point commun entre eux est la présence d'une pièce de mah-jong à côté des victimes, ainsi que les derniers mots prononcés par la dernière victime en date : "Tanabata Kyo".