Rêves d'androïde est une réinterprétation du conte de Pinocchio. Le film raconte l'histoire d'une petite marionnette, Palme, que son créateur a chargé de prendre soin de son épouse souffrante, Xian. Après la mort de celle-ci, Palme reçoit la visite d'une femme mystérieuse qu'il confond avec Xian. En proie à la tristesse, Palme accepte à sa demande de livrer quelque chose de spécial en un lieu lointain dénommé Tama. Palme se trouve ainsi embarqué dans un voyage à la découverte de ses propres émotions, et de ce que recèle la nature humaine.

Sacha, Ondine et Jacky arrivent sur l'île de Shamouti. Les habitants leur parlent d'une légende où trois oiseaux mythiques, Artikodin, Électhor et Sulfura, règnent sur leur île respective. Au même moment Gelardan, un collectionneur Pokémon, capture les oiseaux pour sa collection personnelle et modifie donc le climat naturel de la Terre pour faire apparaître le Gardien des Abysses, Lugia.