Il y a 250 millions d'années, une civilisation extraterrestre créait l'homme. La Terre est maintenant peuplée de six milliards d'habitants, leur dessein est désormais atteint ! Zach serait un adolescent comme les autres s'il ne croyait pas dur comme fer à l'existence des extraterrestres.

Manny, Diego et Sid se lancent dans leur plus grand périple après qu'un cataclysme a donné naissance à un continent en pleine dérive. Séparé de leurs amis, ils utilisent un iceberg comme navire de fortune et s'embarquent pour une quête maritime. S'ils veulent devenir des héros, Manny et sa bande vont devoir surmonter l'impossible, tout en rencontrant des créatures aquatiques, en explorant un nouveau monde et en combattant des pirates impitoyables. De son côté, Scrat a toujours affaire à son maudit gland et se retrouve catapulté dans un endroit où aucun écureuil préhistorique n'est jamais allé.