Trois ans ont passé depuis l'attaque de la Légion et le monde est de nouveau tourmenté par des attaques de Gyaos. Les monstres volants réapparaissent en nombre croissant à travers le monde. Ce troisième volet de la série consacrée au monstre géant Gamera voit celui-ci confronté à l'éveil d'Iris, qui revèlera au monde sa véritable nature.

Dans un avenir proche, les élèves de la classe B de 3ème du collège Shiroiwa ont été amenés sur une île déserte par une armée mystérieuse. Un adulte surgit tout à coup devant eux : leur ancien professeur Kitano. Il leur annonce qu'ils vont participer à un jeu de massacre dont la règle consiste à s'entretuer. Seul le dernier des survivants pourra regagner son foyer. Kitano leur présente deux nouveaux élèves très inquiétants. Des coups de feu retentissent pour convaincre les incrédules. Selon la loi de réforme de l'éducation pour le nouveau siècle, ce sacrifice permettra de former des adultes sains. Abandonnés chacun à son sort avec de la nourriture et une arme, les adolescents disposent d'un délai de trois jours pour s'entretuer.

Au cours d’une cérémonie de mariage en plein désert, un commando fait irruption dans la chapelle et tire sur les convives. Laissée pour morte, la Mariée enceinte retrouve ses esprits après un coma de quatre ans. Celle qui a auparavant exercé les fonctions de tueuse à gages au sein du Détachement International des Vipères Assassines n’a alors plus qu’une seule idée en tête : venger la mort de ses proches en éliminant tous les membres de l’organisation criminelle, dont leur chef Bill qu’elle se réserve pour la fin.

L'histoire se déroule un an après le premier film. On y suit les deux survivants rentrer chez eux et tenter d'alerter l'opinion publique sur ce qui s'est passé sur l'île. Leurs déclarations provoquent un chaos sur tout le pays, violemment réprimé par le pouvoir militaire. Ce dernier décide alors de faire participer les deux opposants à la deuxième session de Battle Royale en compagnie d'une classe beaucoup moins tendre que la précédente.

Azumi poursuit son combat pour libérer son pays des guerriers. Elle doit à présent affronter le dirigeant du gouvernement et son armée de ninjas. Elle est pour cela aidée de son compagnon Nagara.

Dans moins d’un an, le Japon va couler à cause d’une collision de plaques tectoniques. Aujourd’hui le pays est déjà ravagé par des tremblements de terre, tsunami et éruptions volcaniques. Dans cette course contre la montre, beaucoup sont morts et les autres restent bloqués sur l’île. Un seul homme, un pilote de sous‐marin, peut changer le cours de l’histoire: tout l’espoir d’une nation en dépend. Il devra faire le sacrifice ultime pour son pays et la femme qu’il aime. Un film au réalisme à couper le souffle sur une catastrophe naturelle de force maximale.