Créatures et bâtiments apparaissent de nulle part dans le Royaume Magique dans lequel vivent Nene et Yoyo, deux sœurs enchanteresses. Et c'est en cherchant à faire la lumière sur ce mystère que cette dernière se retrouve plongée dans une autre dimension, la nôtre, au sein de laquelle elle fait la rencontre de Takahiro et Aki.Dans ce monde qui lui est inconnu et où la magie y est tabou, Yoyo devra faire face à une puissante malédiction transformant les gens en drôles de créatures et faisant disparaître les paysages petit à petit, affectant ainsi le Royaume Magique... Quel sort se cache derrière cette étrange malédiction et comment les deux sœurs séparées pourront y faire face ?

Prenant place peu de temps après la fin de l'arc Tartaros, l'histoire de ce second long-métrage sera principalement centré sur le personnage Natsu Dragneel, mieux connu sous le pseudo de Salamander.

Batman est envoyé dans le passé, quittant les États-Unis contemporains pour le Japon féodal, et doit combattre le Joker. Mais les deux antagonistes ne sont pas seuls puisque Robin, Nightwing, Red Hood, ou encore Catwoman rejoignent le Chevalier Noir, tandis que le Pingouin, Harley Quinn, et Double-Face semblent s’allier au Joker.

Ce film est un récapitulatif des deux premières saisons WIXOSS (Selector Infected WIXOSS & Selector Spread WIXOSS). Il contient cependant des scènes inédites développant les personnages de Rûko, Tama, Ulith et Mayu, ainsi que leurs relations.