Un commando de la Marine américaine débarque à bord de la station de forage sous-marine DeepCore, afin de porter secours à un sous-marin échoué dans les profondeurs. L'équipe de Bud Brigman accueille ces nouveaux arrivants, ainsi que Lindsey, future ex-femme de Bud. Alors que les travaux de récupération commencent autour du submersible naufragé, l'équipage de DeepCore doit faire face à des phénomènes inexpliqués. Et s'ils n'étaient pas seuls, dans les abysses?
1968, Plattsmouth au Nebraska. Joe et Frank Roberts, deux frères jadis très proches, sont à un tournant de leur vie. Joe, fermier raté, est devenu policier. Frank, lui, revient du Vietnam. Joe prône les valeurs traditionnelles de son pays tandis que Frank cherche un sens qui ne soit pas absurde à sa vie. "Indian Runner" est inspiré d'une vieille légende indienne sur l'épreuve que doivent passer les jeunes gens pour entrer dans l'âge adulte.
Le jour de sa retraite, l'inspecteur Jerry Black s'attarde dans son bureau pour la dernière fois avant de faire bonne figure à la fête « surprise » organisée en son honneur. Touché par la générosité de ses collègues, il accepte volontiers leur cadeau, un billet d'avion pour réaliser son rêve : aller pêcher au Mexique. Au même moment, le corps d'une fillette de 8 ans est découvert à moitié enseveli sous la neige, dans les montagnes du Nevada. Un meurtre gratuit en apparence. Bien que ses collègues de travail le poussent à mettre fin à sa carrière au sein de la police, Jerry est décidé à mener son enquête. Comment laisser un tel crime impuni ? Il promet solennellement à la mère de la jeune victime de retrouver le meurtrier.
Jimmy Markum, Dave Boyle et Sean Devine ont grandi ensemble dans les rues de Boston. Rien ne semblait devoir altérer le cours de leur amitié jusqu'au jour où Dave se fit enlever par un inconnu sous les yeux de ses amis. Leur complicité juvénile ne résista pas à un tel événement et leurs chemins se séparèrent inéluctablement.Jimmy sombra pendant quelque temps dans la délinquance, Sean s'engagea dans la police, Dave se replia sur lui-même, se contenta de petits boulots et vécut durant plusieurs années avec sa mère avant d'épouser Celeste.Une nouvelle tragédie rapproche soudain les trois hommes : Katie, la fille de Jimmy, est retrouvée morte au fond d'un fossé. Le père endeuillé ne rêve plus que d'une chose : se venger. Et Sean, affecté à l'enquête, croit connaître le coupable : Dave Boyle...